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Der Höhenzug der Fahner Höhe zieht sich sichelartig von der nördlichen Geraaue Erfurts in Richtung Bad Langensalza. Er grenzt das Thüringer Kernbecken mit seinem Unstruttal vom höher gelegenen Gothaer Land ab und bildet damit eine natürliche Landschaftsstufe. Entlang seines steil aufragenden Nordhanges breitet sich ein ausgedehntes Obstanbaugebiet aus. Hier finden sich bereits im frühen 19 Jh. die europäischen Wurzeln des wirtschaftlichen Obstbaus. 

Die von Mischwäldern durchzogene Region hat zehn Anrainergemeinden, die, bis auf die Gemeinde Witterda samt Friedrichsdorf, zum nördlichen Landkreis Gotha gehören. Den höchsten Punkt bildet der 413m hoch gelegene Abtsberg im westlichen Teil. Weiter östlich nahe Kleinfahner durchschneidet das Imtal den Höhenzug und bildet eine offene kerbtalartige Wiesenfläche. 

Gleich drei Naturschutzgebiete befinden sich in bzw. vor der Fahner Höhe. Der Steppenrasenkomplex zwischen Elxleben/Gera und Witterda bildet ein kontinentales Refugium seltener Steppenpflanzen, von denen einige vom Aussterben bedroht sind. Oberhalb von Witterda auf Kammhöhe ist das Naturschutzgebiet "Im Haken" vorzufinden, dass einen Wald der Zukunft repräsentiert. Der 75prozentige Eichenbestand soll besonders widerstandsfähig gegenüber Trockenperioden sein. Bei Großfahner am steilen Nordhang des Gebirges finden wir ein weiteres Naturschutzgebiet, das auch heute noch mit Rückepferden bewirtschaftet wird und einen alten Baumbestand vorhält. 

Das Mikroklima der Fahner Höhe weist direkt an seinem Nordhang eine kühlende Wirkung aus. Natürliche Obstvorkommen gibt es hier seit vielen Jahrhunderten, sie profitieren von ihrer Lage oberhalb einer Kaltluftschicht, die weiter unten für stets kühle Nächte sorgt. Insgesamt ist die Region Nutznießer des Thüringer Wald-Lees, das hier für sommertrockene Wetterlagen sorgt.